Горно-Алтайск расположен в северо-западной части Республики Алтай в межгорной котловине в окружении невысоких гор на высоте 270—305 м над уровнем моря, в месте слияния рек Улалушки и Маймы, которые впадают реку Катунь примерно в 250 километрах к северу от горы Белуха, высшей точки Алтая.

Расстояние от Горно-Алтайска до Москвы — 3641 км, до ближайшей железнодорожной станции Бийск — 100 км.

Климат

Климат резко-континентальный. Средняя температура зимы — −15,4 градуса. Летом температура может резко варьироваться — от 9-15 до 40 градусов Цельсия (последний раз температура +42 градуса была в 2009 года). 11 августа 2002 года был зафиксирован абсолютный рекорд температуры — около +44 °C. В это время в городе водилось очень много летучих мышей (они исчезли к 2005 году), они укрывались в тенях построек.

Последний весенний температурный рекорд был установлен 29 марта 2012 года, тогда воздух в Горно-Алтайске прогрелся до 19,2 °C.

Пик гроз приходится на июль, в августе он резко спадает.

C 2007 года каждую осень происходят регулярные нашествия божьих коровок и клопов.